非共有結合性相互作用（Non-Covalent Interactions; NCI）を可視化する手法であるNCIplotについて、その理論的背景となるReduced Density Gradient（RDG）の数学的導出、QTAIMとの関係性、およびアルゴリズムの実装詳細を学術的な視点から包括的に解説する。密度汎関数理論における均一電子ガスモデルからの展開と、ヘシアン行列の固有値解析に基づく相互作用の分類について詳述する。

C. Grebner, L. P. Pason, B. Engelsによって提案された反応経路探索アルゴリズム「PathOpt」の包括的解説。初期状態と最終状態を結ぶ直線の垂直超平面上での大域的探索を通じて、複数の遷移状態と反応経路を一度に特定する手法の理論的背景、アルゴリズムの詳細、およびLennard-Jonesクラスター（Ar12, Ar13）への適用結果について詳述する。

JafariとZimmermanによって提案された、表面反応メカニズムの自動探索手法「S-ZStruct」の解説。本稿では、グラフ理論に基づく反応性の定義、Single End Growing String法（SE-GSM）との統合、およびプロパン酸分解やTiN原子層堆積（ALD）への適用事例を通じて、化学的直感に依存しない反応経路探索の数理的構造と有効性を詳述する。

Paul M. Zimmermanによって2013年に提案された、化学的直感に依存せずに素反応過程を自動探索する手法（ZStructの基礎理論）の解説。原子の結合性（Connectivity）に基づく異性体生成、力場とDFTを組み合わせたスクリーニング、およびGSMによる遷移状態探索を統合したアルゴリズムの数理的背景と実装詳細を論じる。

1935年のM. G. EvansとM. Polanyiによる論文『Some Applications of the Transition State Method...』の学術的解説。Eyringの統計力学的アプローチと対をなす、熱力学に基づいた反応速度式の導出、活性化体積の概念の導入、および高圧下での反応速度変化に関する理論的枠組みを詳細に論じる。

Henry Eyringによる1935年の記念碑的論文『The Activated Complex in Chemical Reactions』の包括的解説。従来の衝突理論が抱えていた立体因子の問題を解決するために導入された「活性錯合体」の概念と、ポテンシャルエネルギー曲面に基づく統計力学的な絶対反応速度定数の導出過程、同位体効果の予測、および衝突理論との整合性について、数式を用いて詳細に論じる。

Keith J. LaidlerとM. Christine Kingによるレビュー論文『The Development of Transition-State Theory』(1983)に基づく学術的解説。1935年のEyring、Evans、Polanyiによる理論の確立に至るまでの、熱力学、気体分子運動論、統計力学という3つの異なる源流の発展過程と、その後の科学的受容について詳細に論じる。

Donald G. Truhlarらによる1996年の総説『Current Status of Transition-State Theory』に基づき、従来の遷移状態理論（TST）が抱える「再交差」や「トンネル効果」といった本質的な限界を、変分遷移状態理論（VTST）や多次元トンネル補正がいかにして克服したかを数理的・歴史的背景と共に解説する。

Eugene Wignerによる1938年の論文『The Transition State Method』の包括的解説。反応速度論における遷移状態法の基礎となる3つの仮定（断熱性、古典性、平衡性）を明確化し、反応速度式を統計力学および熱力学から導出する過程、さらに量子効果（トンネル効果）による補正項の導入について、数理的背景と共に詳細に論じる。

「論文になっている」という事実は、その内容が絶対的真理であることを保証しない。本稿では、歴史的に著名な「誤った論文」の事例（ポリウォーター、N線など）や、現代の再現性の危機（Replication Crisis）、P値ハッキングといった統計的問題を取り上げ、科学がいかにして誤りを修正し前進するかを解説する。

Andrew W. TorranceおよびBill Tomlinsonによる論文 *TRAINING IS EVERYTHING: ARTIFICIAL INTELLIGENCE, COPYRIGHT, AND FAIR TRAINING* の詳細な学術的解説。2022年の生成AIの急速な普及に伴い顕在化した著作権問題を、米国著作権法における「フェア・ユース」の観点から再評価し、AI学習を「フェア・トレーニング」として法的に位置づける理論的枠組みについて、その歴史的背景、国際的な法的比較、および将来的な解決策を含めて包括的に詳述する。

J. A. BersonとM. Jones, Jr.による1964年の原著論文 (Journal of the American Chemical Society) に基づき、Oxy-Cope転位の発見、反応機構（二重反転と単一反転）、および合成化学的有用性について詳説する。化合物番号を用いず、化学構造名称に基づいた記述で再構成する。

F. Barrios-Landeros, B. P. Carrow, and J. F. Hartwigによる2009年の原著論文 (Journal of the American Chemical Society) に基づき、パラジウム触媒反応の素過程である酸化的付加の反応機構を詳説する。特に、配位子の立体的な大きさよりもハロゲンの種類が活性種の配位数（L2Pd vs LPd）を決定するという速度論的証拠とその物理化学的意味について論じる。

Martin Černohorský, Jaroslav Kočaらによる1999年の論文 'VADER: New Software for Exploring Interconversions on Potential Energy Surfaces' に基づき、Single Coordinate Driving (SCD) 法の拡張と、それを実装したプログラムVADERについて詳説する。ポテンシャルエネルギー曲面（PES）のトポロジー解析、反応経路の自動探索アルゴリズム、およびホルムアルデヒドやtert-ブチルハライド系への適用事例を数理的・化学的観点から包括的に解説する。

Klaus MüllerおよびL. D. Brownによる一連の研究（Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1980, 19, 1-13 および Theor. Chim. Acta 1979, 53, 75-93）に基づき、ポテンシャルエネルギー曲面（PES）上の反応経路探索手法であるCoordinate Driving（座標駆動）法とその発展形について詳説する。特に、反応経路の数学的定義、Distinguished Coordinate法の幾何学的解釈、そして制約付きシンプレックス最適化による鞍点探索アルゴリズムの導出と応用について、数理的背景と共に網羅的に解説する。

ShangとLiuによって2013年に提案されたStochastic Surface Walking (SSW) 法について、その数理的背景、アルゴリズムの詳細、および分子系・クラスター系への適用事例を学術的な観点から詳説する。バイアスポテンシャル駆動型ダイナミクスとMetropolisモンテカルロ法を組み合わせた本手法の、ヘシアン計算を必要としない大域的探索能力と反応経路予測への有用性を、原著論文 (JCTC 2013) に基づき解説する。